Ciao Leonardo,
io uso una scafandrata solo per le macro, mentre per l'ambiente uso una Nikonos V.

In macro è vero quello che dici, non si usa l'esposimetro interno perchè si lavora in manuale con diaframmi di norma molto chiusi. Ci si basa sulla luce del flash, quasi sempre in TTL, salvo alcune eccezioni e normalmente non si tiene conto della luce ambiente,  poichè nella maggior parte dei casi è ininfluente o il suo impatto è marginale. Si può, eventualmente, modificare la velocità, per regolare l'esposizione dello sfondo.

Nella foto ambiente, si tiene conto invece della luce e della lettura esposimetrica, regolando il diaframma come si fa con la Nikonos, in modo da dare la giusta esposizione allo sfondo, mentre il flash si occupa di dare la giusta  illuminazione al soggetto. Anche qui, in condizioni normali, si usa il TTL, in condizioni particolari si imposta il flash in manuale per dosare la luce.
Il vantaggio delle reflex sta nell'autofocus, nell'inquadratura, nelle ottiche a disposizione.
Non è un argomento facile, bisogna fare esperienza, ognuno poi si crea un suo metodo di lavoro.

Ti consiglio comunque un'attrezzatura che consenta l'uso del TTL, fondamentale in macro, quando non puoi usare l'esposimetro e comodo sempre nell'ambiente, soprattutto per scatti al volo, quando non hai tempo per meditare sulle impostazioni.

Libri non ne conosco, puoi fare una ricerca con Google...

Sul mio scafandro posso regolare la modalità di lavoro (che comunque in macro lascio sempre in manuale), tempi, diaframmi, blocco esposizione, sovra/sottoesposizione, più qualche altra impostazione della macchina, che comunque non uso mai.

Per le foto ambiente, ci si regola in modo normale, come hai detto: misuri la luce ambiente e regoli il diaframma in modo che la velocità sia compatibile con il sincronismo del flash. Non ci sono compensazioni particolari, magari una leggera sottoesposizione per dare al blu una maggiore saturazione. Tutte cose da sperimentare, poi ci si fa l'occhio e alla fine si lavora quasi sempre con diaframmi che possono variare dal 5.6 all'11 con pellicola 100 ASA.

In macro invece, quando hai bisogno di profondità di campo e usi diaframmi molto chiusi (tra il 16 e il 32), la lettura esposimetrica non vale, ti dirà sempre che è sottoesposto. Per questo si lavora in manuale: nel mio caso (con una Canon) la velocità si auto-imposta su 1/90 (che posso eventualmente ridurre) e io imposto il diaframma in base al soggetto e alla sua distanza (e alla risposta del TTL, che mi da un OK sonoro e visivo quando è intervenuto).

Per l'uso del falsh in manuale, ci si regola come in esterno, in base alla distanza del soggetto e al NG del flash (aumentando di solito di un diaframma, perchè l'acqua assorbe la luce in maniera maggiore).  Difficile dire regole generali, in acqua le variabili sono molte, bisogna sperimentare all'inizio, provare la stessa inquadratura con diaframmi diversi o potenza diversa del flash e poi controllare i risultati, finchè non si trovano delle impostazioni standard di base, valide in generale, da modificare poi in base alle condizioni di ogni singolo scatto.