Phylum appartenente al regno dei protisti, a cui fanno parte organismi unicellulari eucarioti (dimensioni della cellula che variano tra i 10 ed i 30 µm) legati esclusivamente all'ambiente acquatico. Anche se alcune specie possono vivere liberamente, molte sono parassiti. Essi si dividono in cinque gruppi differenziati principalmente in base alle caratteristiche fisiche, così da avere:

-I mastigofori, che costituiscono probabilmente il gruppo più antico, presentano sia specie parassite che libere; la caratteristica comune a tutte è la presenza di flagelli (1-2 negli esemplari più piccoli ed in numero più elevato in quelli di dimensioni maggiori), costituiti da due proteine chiamate tubulina alfa e tubulina beta.

-Gli opalinidi sono tutti accomunati dalla assenza di forma propria e dalla presenza di "pseudopodi" per il movimento, ossia estensioni del citoplasma che vengono subito ritratte. Un esempio sono gli Amaeba o i Foraminiferi, che prendono il nome dalle loro aperture (foramina); essi inoltre hanno il corpo racchiuso in una camera a conchiglia irrobustita dalle microproteine, dai carboidrati di calcio e di magnesio oltre che dai granelli di sabbia. La conchiglia, da qualche decina di micron può raggiungere alcuni centimetri ed in alcune località, questi microrganismi hanno formato nel corso del tempo bianchissime scogliere. La riproduzione è sessuata. 

-I ciliofori o ciliati, prendono il nome dalla presenza di ciglia costituite dalle proteine tubulina alfa e tubulina beta. Sono, tra i protozoi, quelli con struttura più complessa e dotati di maggiori dimensioni, con lo Spirostomum ambiguum, che può raggiungere i 4,5 mm. E' presente una sorta di bocca simile a quella degli organismi pluricellulari chiamata citostoma connessa a vacuoli digestivi situati all'interno della cellula e che svolgono la funzione di un apparato digerente; inoltre esistono anche vacuoli pulsanti che espellono l'acqua in eccesso dall'interno della cellula. Essi si riproducono principalmente per mitosi.

-Il gruppo degli Opalinidi è costituito principalmente da organismi che parassitano pesci, rettili ed anfibi.

-Infine, quello degli Sporozoi, è costituito anch'esso da parassiti tra cui i tristemente noti membri del genere Plasmodium (falciparum, vivax, ovale, malariae) che vivono all'interno della zanzara Anopheles gambiae, la cui femmina li può trasmettere all'uomo e ad altri mammiferi attraverso una puntura, facendoli ammalare di malaria. I sintomi di questa malattia sono molto vari, ma in genere gli ammalati presentano accessi intermittenti di febbre, vomito, brividi, mal di testa, dolori muscolari, simil-influenzali, anemia ed ittero. La malaria provocata dalla specie falciparum è la forma più grave, e se non trattata in tempo può portare ad insufficienze renali, coma o addirittura morte. Questa malattia è diffusa sopratutto in Africa tra i Paesi del terzo mondo, dove ogni anno si hanno milioni di vittime, in particolare bambini con età inferiore ai cinque anni. Recentemente è stata pubblicata la mappa genetica della zanzara Anopheles gambiae, con la speranza che ben presto si trovi un vaccino adatto a rendere immune l'uomo da questa malattia e ridurre quindi le morti.